Com caprichados efeitos especiais, o filme 'G.I. Joe - A Origem da Cobra', baseado em brinquedos famosos nos anos 80 no Brasil como 'Comandos em Ação', mostra como o Cobra tornou-se um grupo terrorista, enquanto a elite militar americana conhecida como G.I. Joe está na Europa.

Durante a estadia no continente, a elite recebe a missão de derrotar uma organização do mal, liderada por um traficante de armas.

Após tomarem conhecimento do objetivo que os aguarda, o grupo de agentes de elite precisa enfrentar as dificuldades impostas pelos inimigos e pelos cenários hostis, que vão desde as montanhas da Ásia Central até os desertos do Egito, passando pelas ruas lotadas de Paris e por baixo da calota polar do Polo Norte.

A tropa embarca em uma aventura sem fim usando as mais modernas tecnologias de espionagem e equipamento militar para evitar que o corrupto comerciante de armas Destro e a crescente ameaça da misteriosa organização Cobra levem o mundo ao caos.